Добрый день!
То, что удаляется старый пользователь, и создаются новые — это нормально. Когда накатывается сборка, тогда таблица юзеров очищается полностью, и создаются новые. Скорее всего все-таки вы в чем-то ошиблись при редактировании админа. Попробуйте накатить сборку заново, но не редактировать админа, а создать нового пользователя, и в случае успеха уже попробуйте админа отредактировать.
На случай, если в админку вообще никак не войти, а надо очень (при этом есть доступ по ftp или типа того), открывайте файл manager/index.php и сразу после инициализации MODX-а ($modx->initialize()) пишите: