Вот вложенные шаблоны и надо смотреть. И здесь два момента:
1. Во вложенном шаблоне прописан плейсхолдер [[+page.nav]], но в вызове процессора не прописан передаваемый параметр getPage => true. Без этого параметра не будет вызываться в процессоре сниппет getPage.
2. Сейчас все шаблоны некешируемые (включена настройка в шаблонах phptemplate.non-cached=true). Если некеширование выключить, то пагинация не будет корректно работать. В шаблоне tpl/category.tpl надо бы переделать на вызов некешируемого сниппета [!smarty?tpl=`...`]. Но это так, для справки.