Выбор одного из значений (input или select) при отправке формы

Правильно вы же элементу $custom подставляете значение
 

if ($select.val() == customValue) {
            $element = $custom;
        }

Правильно вы же элементу $custom подставляете значение if ($select.val() == customValue) {
            $element = $custom;
        } а нужно $select